因應新型冠狀病毒疫情變化，澳門特區政府於6月8日公佈了乘搭公共交通工具及進入公共場所時關於“澳門健康碼”措施的新指引，呼籲市民理解並作出配合。
黃碼或紅碼者不允許乘坐公共交通工具
為保障乘搭公共交通工具乘客之健康，澳門交通事務局於6月8日公佈，即日起，健康碼黃碼或紅碼者不允許乘坐公共交通工具，包括巴士、的士及輕軌；巴士和的士司機有權查閱乘客健康碼，並可拒絕接載黃碼或紅碼乘客，不構成拒載。所有搭乘公共交通工具人士仍須全程佩戴口罩，否則司機及車務人員有權拒絕乘客使用相關服務，交通事務局會適時調整相關防疫措施安排，呼籲公眾配合防疫工作。
此外，為配合通關措施，交通事務局已要求娛樂場及酒店業界，即日起須檢查乘搭穿梭巴士前往口岸之離境旅客，確保上車時持有48小時內的核酸檢測陰性報告；另外，亦不允健康碼黃碼或紅碼者搭乘穿梭巴士。同時交通事務局提醒公眾注意，乘搭其他交通工具，也應主動佩戴口罩及注意個人衛生，保持適當距離，如有不適應儘快求醫。
黃碼或紅碼者禁入食肆等場所
為減少新型冠狀病毒肺炎疑似個案人士在公共場所內活動，減少疾病傳播的風險，新型冠狀病毒感染應變協調中心公佈了進入公共場所出示“澳門健康碼”措施的新指引：
1. 第一類場所（娛樂場、酒店場所和公寓、出入境大樓、醫療機構），根據衛生局公告，必須要求入場人士出示；
2. 第二類（政府部門、購物商場、設有堂食的飲食和飲料場所、餐廳、酒吧）應要求入場人士出示；
3. 第三類（街市、大型超市、卡拉ok、髮型屋及理髮店、健身院及美容院、舞廳、桑拿浴室、遊戲機中心保齡球場、網吧、電影院、展覽館、圖書館、體育館、或需要逗留較長時間大於或等於 20分鐘的辦事處等），根據場所條件，要求出示，而當局鼓勵場所執行，場所可自行評估情況決定。
4. 對於一般零售商店例如小型超巿、便利店等，由於場所規模和人流較少，以及顧客停留時間較短，因此可以不必要求進入者出示。
如出現“紅碼”的人士，將被拒絕進入場所；若出現“黃碼”的人士，如為場所的服務對象，場所應拒絕有關人員進入，但若有關服務屬緊急而必需進入，場所需為此作出適當的防疫安排，儘快提供服務及離開，期間要減少“黃碼”人士接觸到他人的機會，並於事後做好清潔消毒工作。如“黃碼”人士為場所員工，則需提交因其他疾病而已就診的證明，之後由場所負責人決定是否允許該人士進入。上述指引已上載應變協調中心抗疫專頁的防疫指引欄目內（網址：https://www.ssm.gov.mo/apps1/PreventCOVID-19/ch.aspx#clg17668）。
因應新指引，澳門市政署公佈，由6月9日起，進入由市政署發牌監管的第四組及第五組飲食及飲料場所如粥麵店及飯店等，必須出示有效的澳門健康碼綠碼，黃碼及紅碼人士不得進入飲食場所。市政署呼籲業界支持，亦希望公眾配合最新防疫指引。
澳門旅遊局亦公佈，由6月9日起，進入由澳門旅遊局監管的場所，包括酒店場所和公寓、餐廳、酒吧、卡拉OK、舞廳、桑拿浴室、按摩院及健康俱樂部的人士必須出示澳門健康碼，澳門健康碼為“紅碼”或“黃碼”人士將被拒絕進入場所。“澳人食住遊”本地遊活動亦必須嚴格遵循衛生局的防疫措施，澳門健康碼為“紅碼”或“黃碼”人士不能參團。
可使用手機及紙本申報健康碼
至於“澳門健康碼”的生成方式，市民需自行使用衛生局“澳門健康碼”系統，以手機應用程式填寫並生成健康碼憑證，當日有效，進入場所前出示手機上的憑證，或出示已預先列印的當天有效的紙本“澳門健康碼”。
場所方面，應提供無記錄模式的電子設備，供未有自備手機的人士進行申報生成“澳門健康碼”；有關的電子設備需要沒有記錄模式，不可以記錄市民的個人資料，此外，不接受入場者的口頭健康申報聲明。
